Tajomným miestom sú podzemné krypty Dómu, ktoré prešli komplikovaným vývojom.

Od polovice 18. storočia pochovávanie v nich obmedzila legislatíva Márie Terézie motivovaná praktickými a hygienickými dôvodmi. V hĺbke takmer šesť metrov sa nachádzajú tri krypty. Do jednej sa vchádza z exteriéru na severnej stene katedrály. Je umiestnená pred hlavným oltárom a patrila rodine Pálffyovcov. Do dvoch krýpt sa vchádza z kaplnky sv. Anny. Jednou z nich je Jezuitská krypta, situovaná pod cestou medzi katedrálou a kňazským seminárom. Druhou je tzv. Arcibiskupská krypta, jediná sprístupnená, rozvetvená do štyroch chodieb. Rakvy arcibiskupov sú umiestnené pod kaplnkou sv. Jána Almužníka. Celkovo sa v krypte nachádza viac ako 90 hrobov. 

Z osôb, pochovaných v katedrále je vhodné spomenúť napr. kardinála Petra Pázmánya (1570 – 1637), ktorý na mnoho rokov ovplyvnil duchovný a spoločenský život na území dnešného Slovenska. Je tu tiež pochovaný bratislavský kanonik Jozef Ignác Bajza (1754 - 1836), autor prvého slovenského románu. Do roku 2003 sa tu nachádzala prázdna rakva katolíckeho kňaza a národovca Andreja Hlinku (1864 – 1938), ktorého miesto odpočinku nepoznáme.

Od roku 2003 sú v krypte dočasne uložené ostatky Božieho služobníka biskupa Michala Buzalku (1885 – 1961), ktorý od svojej biskupskej vysviacky v roku 1938 až do svojho zatknutia a odsúdenia na doživotie v roku 1950 býval a pôsobil na Kapitulskej ulici.