Po roku 1945 sa postupne množili zásahy komunistickej štátnej moci proti Katolíckej cirkvi. Smerovali k eliminácii nepohodlných osôb a k utlmeniu náboženského života. V príprave na ťažké obdobie Cirkvi 29. apríla 1950 Michal Buzalka vysvätil tajne za biskupa Antona Richtera. Svedkami boli kňazi Viliam Hoťka a Emil Bobocký. Išlo o prvú tajnú biskupskú vysviacku na Slovensku. Konala sa v byte  špirituála kňazského seminára E. Bobockého. Dňa 19. júla 1950 v kňazskom seminári zatkli biskupa Buzalku a v procese proti tzv. vlastizradným biskupom v roku 1951 ho odsúdili na doživotie. 

Viaceré budovy na Kapitulskej ulici boli vyvlastnené a využívané inými vlastníkmi. Mnohé z nich ostali opustené a neslúžili pôvodnému účelu. Začali chátrať a pomaly sa premieňať na ruiny. Kapitulská ulica, hoci je najstaršou zachovalou ulicou mesta Bratislavy, sa stala zanedbanou. Spôsobilo to nenávratné škody na historickom a kultúrnom dedičstve. Tvrdým zásahom, ktorý trvalo ovplyvnil život Kapitulskej ulice, bolo aj vybudovanie nového mosta cez Dunaj v rokoch 1967 – 1972. Išlo o demonštráciu sily víťazstva socializmu nad „starým prekonaným svetom“. Most a priľahlá rušná cestná komunikácia smerujúca popri starom mestskom opevnení na Zochovu ulicu preťala staré mesto na dve časti.

To negatívne ovplyvnilo aj postavenie Dómu sv. Martina a Kapitulskej ulice, ktoré sa ocitli z jednej strany úplne odrezané cestou. Zanikla prirodzená prepojenosť smerom k Bratislavskému hradu. Kňazský seminár sv. Cyrila a Metoda bol do roku 1989 jedinou inštitúciou na Slovensku, kde bolo možné sa oficiálne stať kňazom. Po roku 1989 sa do navrátených budov na Kapitulskej ulici pomaly začínajú vracať cirkevné inštitúcie a tie, ktoré prežili obdobie devastácie, začínajú rozvíjať svoju činnosť.